Computational Prediction of Protein Complexes from Protein Interaction Networks
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Sprache:Englisch
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Beschreibung
Produktdetails
Einband
Gebundene Ausgabe
Erscheinungsdatum
30.05.2017
Herausgeber
M. Tamer OzsuVerlag
ACM BooksSeitenzahl
296
Maße (L/B/H)
24,1/19,6/2,1 cm
Gewicht
751 g
Sprache
Englisch
ISBN
978-1-970001-55-6
In this book, we systematically walk through computational methods devised to date (approximately between 2000 and 2016) for identifying protein complexes from the network of protein interactions (the protein-protein interaction (PPI) network). We present a detailed taxonomy of these methods, and comprehensively evaluate them for protein complex identification across a variety of scenarios including the absence of many true interactions and the presence of false-positive interactions (noise) in PPI networks. Based on this evaluation, we highlight challenges faced by the methods, for instance in identifying sparse, sub-, or small complexes and in discerning overlapping complexes, and reveal how a combination of strategies is necessary to accurately reconstruct the entire complexosome.
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